Вторая ступень — 2,5 года — «Теория и практика гештальт-терапии» — профессиональная подготовка гештальт-терапевтов, завершается сертификацией (см. «Сертификационные требования»). Включает теоретическую подготовку, личную терапию, супервизию, работу в малых группах, участие в интенсивах (в клиентской и в терапевтической позициях), в конференции, выбор и прохождение специализации (или посещение спецкурса), а также начало собственной практики под супервизией. Специализация завершается выпускным мероприятием, которое курирует один из ведущих тренеров МГИ. Специализации и спецкурсы проводятся параллельно основной базовой программе, а также могут быть пройдены после ее завершения.

Темы базового курса включают 1 и 2 ступени, определяемые в 4 больших теоретических блока: 1) знакомство с теоретическими и философскими вопросами гештальт-терапии, 2) методология практики, 3) клинические и другие частные вопросы гештальт-терапии, 4) супервизия. Логика размещения отдельных тем в процессе обучения зависит от руководителя программы и динамики группы..
После завершения 1 ступени выдается промежуточный сертификат с указанием тем и часов. Те, кто хочет продолжить обучение на 2 ступени, подает заявление в МГИ или руководителю программы. Т. о. группа 2 ступени может явиться объединением участников различных групп 1 ступени, мотивированных на профессиональную подготовку. Для некоторого количества участников при этом образование будет сквозным.

В случае совпадения дат проведения базового курса и других мероприятий участник может не оплачивать участие в последних, а руководитель мероприятия должен обеспечить возможность отработки пропуска участнику.

2 ступень завершается супервизорской сертификационной сессией в группе (т. н. внутренней сертификацией) с приглашением независимого супервизора — тренера, имеющего выпуски собственных программ и (или) терапевта и в присутствии руководителя (руководителей) программы.

После выполнения сертификационных требований (см. «Сертификационные требования») участник программы представляет зачетную книжку и все материалы (описание случаев с рецензией, подтверждение часов личной терапии, супервизии, интенсивов, сопровождаемые рекомендацией руководителя программы в учебную часть и записывается на открытую сертификацию. Открытую сертификацию проводит сертификационная комиссия МГИ, состав которой формируется сроком на один год и утверждается профессиональным советом МГИ. Сертификационная комиссия работает с группой, состоящей из участников разных программ, подготовивших материалы к данному сроку. Даты открытой сертификации указаны на сайте МГИ. Сертификация может быть полной, условной (с указанием условий, необходимых для успешного завершения), может быть рекомендована пересдача, т. е. повторная демонстрация работы в другие сроки. В отдельных случаях, в частности при нарушении этических норм, может быть отказано в повторной сертификации.

После рассмотрения комиссией материалов и демонстрации студентом работы на открытой сертификации, признанной соответствующей профессиональному уровню, ему выдается сертификат МГИ об успешном завершении программы подготовки в области гештальт-подхода с присвоением квалификации гештальт-терапевта.

Для признания выпускника программы терапевтом со стороны профессионального сообщества необходима процедура его аккредитации на определенный срок (3 года), по истечении которого снова встает вопрос о подтверждении статуса терапевта.

Процедура аккредитации предполагает:
1 — наличие сертификата об окончании программы,
2 — рекомендацию руководителя программы, супервизора и двух терапевтов, которые видели работу и подтверждают ее профессиональный уровень,
3 — описание опыта собственной практики (индивидуальные клиенты, группы, семьи, организации), указание участия в интенсивах (в каких, и в какой роли), в супервизорских и тематических группах, в конференциях, проведение мастерских, выступления, статьи и т. д.
4 — заявление в общественную организацию общества практикующих психологов «гештальт-подход» или в региональное предствительство общества для аккредитации в профессиональном сообществе как терапевта.

 Третья ступень — 360 часов — ориентирована на подготовку супервизоров, преподавателей гештальт-терапии, а также углубленное изучение теории и методологии практики. Программы 3 ступени существуют в МГИ в настоящий момент в стандартном варианте. Их описанию будет посвящен отдельный выпуск бюллютеня. Существуют также авторские супервизорские программы совершенствования в гештальт-терапии.